Mit dem LM2940 hatte ich noch nie solche Probleme. Sicher, dass Du einen CT5 und nicht etwa einen CT12 erwischt hast?
Die Freilaufdiode dient dem bereits 1000fach erwähnten Zweck: die Induktionsspannung beim Abschalten zu begrenzen, um den Transistor zu schützen.
Der Schutzleiter darf durch nichts aber auch gar nichts getrennt werden, schon gar keine Sicherung.
Ausserdem darf er keinem aktiven Zweck dienen, was immer Du da also "schleusen" willst - mach es anders!