Bei Parametern ist wohl das EEROM der geeigneste Speicher da der flash nicht zu häufig überschrieben werden kann, oder wie liegen hier die Grenzen?
"Nicht allzu häufig" ist relativ. Die Anzahl der Schreib-Lösch Zyklen steht gleich auf der ersten Seite im Datenblatt.
Beim ATMega16 sind 10.000 für den Flash- und 100.000 für den EEProm Speicher angegeben.
Mit Daten die du selber in den Controller hochladen willst, wirst du da wohl bei beiden Speicherarten nicht so schnell Probleme bekommen.

Idealer weise müßte die RN-Control über die ISP-Schnittstelle der mega8 diese programmieren? Also daten vom PC erhalten und durchreichen?
Vierlleicht klappt das ja mit Bootloadern und Programmierung über die serielle Schnittstelle .
Ich meine ich hätte neulich irgendwo gelesen, dass es in Bascom Befehle gibt mit denen man relativ einfach "Software-UARTS" simulieren kann.

Damit könnte das RN-Control dann an der seriellen Schnittstelle Programmcode entgegennehmen und über irgendwelche anderen Pins und Software-UART an die entsprechenden Sub-Controller weitergeben.
Allerdings müsste man dem RN-Controll dann irgendwie klarmachen an welchen Sub-Controller er den Code weitergeben muss und wenn das RN-Control selber auch über die serielle Schnittstelle programmiert werden soll wird es wohl noch komplizierter.

Soweit ich das verstanden habe, wartet ein Bootloader auf eine bestimmte Daten-Sequenz um zu unterscheiden, ob es nur serielle Daten sind oder neuer Programmcode.
Wenn diese Sequenz für die verschiedenen Controller unterschiedliche ist oder eine zusätzliche Adresse enthält, könnte ich mir schon vorstellen, dass man dieselben Daten an alle Controller schickt und nur der richtige fühlt sich angesprochen.

Dafür müsste man aber nicht nur die Bootloader selber anpassen, sondern auch die Programmiersoftware auf dem PC.

Ich glaube es wäre einfacher und praktischer die seriellen Anschlüsse von allen Controllern zentral an eine Stelle zu legen und da dann entweder für jeden einen eigenene Stecker oder einen Umschalter anzubringen.
Beim seriellen Anschluss sind es ja nur 3 Leitungen pro Controller und man kann die seriellen Anschlüsse dann ausser zum Programmieren auch gleich zum debuggen verwenden.