Was die technische Stromrichtung anbelangt, die wird ja in keinster Weise in der Logik verletzt.

Es ist ja nicht so, dass ein Pin bei einer logischen "1" einfach nur Strom liefert, und bei einer logischen "0" nicht.
Bei einer "1" liefert er 5V, bei einer "0" liegt er eben auf GND, was heisst, man kann "Strom in ihn reinfliessen lassen".
Diese "Es fliesst einfach kein Strom"-Kondition wird erzeugt indem man den Pin als Eingang schaltet und den Pullup deaktiviert. Das nennt sich dann Hi-Zero oder auf gutdeutsch Hochohmig.

Ich glaube die Verwirrung ist einfach entstanden weil es sich beim AVR um einen Tri-State-Fähigen Baustein handelt.
Der kann eben nicht einfach nur "Saft/Nicht-Saft", sondern als Ausgang "Saft/GND" und als Eingang den "Nicht-Saft"-Zustand.