Hallo,

die Fehlermeldung ist kein Bug im Workpad sondern ein Bug in deinem Code

Code:
#define    F_CPU 3686400   // Taktferquenz des myAVR-Boards
#include   <avr/io.h>      // AVR Register und Konstantendefinitionen
#include    <avr/interrupt.h>
#include    <inttypes.h>
#include    <stdlib.h>
//----------------------------------------------------------------------
main ()                  // Hauptprogramm, startet bei Power ON und Reset
{
   TCCR0 |= (1<<CS00)|(1<<CS02);
   sei();               // Interupts aktivieren (Global Interupt Enable)
   DDRB = (1<<PB0);          // PB0 an PORTB als Ausgang setzen
   do {               // Schleifenanfang Mainloop
         PORTB ^= (0 << PB0);
      } while (true);         // Schleifenende Mainloop
} 

// eine ISR ist eine Funktion und kann damit nicht 
// mitten im Code einer anderen Funktion deklariert werden
// sondern muss einzeln außerhalb jeder Funktion stehen
ISR (TIMER0_OVF_vect)
{
  PORTB ^= (1 << PB0);  // Toggle PB0 z.B. angeschlossene LED
}
Kommentar ist im Code und probiers noch mal mit dem Workpad

Grüße Jahn