PWM Steuerung geht schon auch in der Matirx. Allerdings wird es dann schwieriger eine hohe Auflösung hinzubekommen. Etwa 4 Bit Auflösung für die Helligkeit sollten aber noch möglich sein, zumindest wenn man nur relativ wenige LEDs hintereinander Leuchten läßt. Gepant war eine Matrix 108 x 6 oder eventuelle 54 x 12. Es geht dann mit einem Microkontroller halt nur Software PWM. Bei 6 Zeilen wäre jede LED jeweils maximal ca. 2 ms an und für 16 Stufen bräuchte man 125 us Zeitauflösung. Das sollte machbar sein, wenn man die Daten alle vorher ins RAM schreibt.

Wenn man bei so vielen Kanälen einen schnellen bzw. hochauflösenden PWM haben will, würde ich ein CPLD oder FPGA vorschalgen, habe da aber noch keine Erfahrungen mit.