Die sache mit einem FPGA zu lösen ist sicher möglich und elegant, aber nicht ganz einfach. Die haben zwar genug Ports, aber man braucht fast sicher noch extra Treiber dazu und hat damit nicht viel gewonnen, außer genug Geschwindigkeit um uneingeschränkt PWM zu nutzen.
Die TLL latches die ich mit gedacht habe, können ca. 30 mA treiben, das sollte also ohne extra Treiber gehen. Die 6 Ebenen werden natürlich Treiber brauchen, da wird sogar ein ULN2003 nicht mal mehr reichen. Der Aufwand für eingeschränktes PWM wäre ein Sache der Software, die Hardware wäre die gleiche wie für nur An/Aus. Bevor man sich da auf die Details festgelegt hat ist es schwer zu sagen ob man nur 8 oder eventuell 50 Helligkeitsstufen hinkriegt. Besonders bei C ist es nicht so leicht vorherzusehen wie schnell der Code dann tatsächlich wird. Eventuell müßte man halt für PWM auf Assembler ausweichen auch wenn das dann schon recht kompliziert wird.

Schwierig könnte es eventuell werden die Elektromagnetischen Abstrahlungen im erlaubten Rahmen zu halten, ohne den ganzen Cube in einen Drahtkäfig zu stecken.