Dein IR-Sender Target funktioniert so.
Das der PortA auch so funktioniert ist schon möglich da er sich über die eingebauten Schutzdioden an den Port versorgen kann, allerdings können diese Dioden nur sehr wenig Strom und sind daher schnell kaputt.
Zwei Kondensatoren gehören direkt an den 7805 zur Unterdrückung der Schwingneigung und Spannungsimpulsen. Der Kondensator direkt am µC, VCC und AVCC ist für die Unterdrückung von Spannungsimpulsen. 100n Keramikkondensatoren (in SMD-Ausführung am idealsten) sind deshalb so gut geeignet da sie einen sehr geringen Innewiderstand und Eigeninduktivität haben.
Und bevor du jetzt sagst es funktioniert auch so, es "kann" auch so funktionieren, wenn es einmal nicht so richtig tut, dann suchst du dir einen Wolf und hast die große Chance den Fehler nie zu finden weil er nur mal so sporadisch auftritt.
Wie du das Programm mit den Timer schreiben sollst kann ich dir so aus dem Stegreif nicht sagen. Womit schreibst du und was hast du schon.