Wenn du gleich zu beginn mit dem Autorouter arbeitest, kann ich mit nicht vorstellen das da was ordentliches herauskommt. Da musst du eine schöne Weile werken bis du alle Einstellungen intus hast. Solange das nicht ist brauchst du für die Nacharbeiten länger als wenn du mit der Hand routest.
Leitungen auf die Top-Seite bringst du indem du mit einer Leitung auf dem Bottom startest, mit einem klick aufhörst, in den Top-Layer wechseln, dort weiterfahren, ein klick, in den Bottom-Layer wechseln und weiter. Layer wechselst du links oben, die Leitung nicht unterbrechen auch wenn sie mit der Maus quer übers Bild fährt.
Für die Verbindungspunkte musst du irgend was ausgeschaltet haben, schau mal in der Hilfe unter Junction oder Net
Es müsste unter Options/ Einstellungen/Verschiedenes sein Juntions automatisch setzen