Ich nehme an du verwendest den Autorouter und Eagle routet mit Vias.

Du must nur bei Autorouter ---->General----> Vorzugsrichtungen und dann bei TOP auf NA(bzw Bottom auf NA) .

Wenn du SMD und THT Bauteile mischt kannst du die SMD per Mirror(oben links) in den Bottom Layer beförden.

MfG Matthias