Ich meinte schon *lss, aber egal, die ist auch gut
Ich habe die ISR rauskopiert und die Takte eben gezählt(Hoffe, daß ich mich nicht grob verechnet habe)
Code:
ISR(TIMER0_COMP_vect)
{
  ca:	1f 92       	push	r1		2
  cc:	0f 92       	push	r0		4
  ce:	0f b6       	in	r0, 0x3f	5
  d0:	0f 92       	push	r0  		7
  d2:	11 24       	eor	r1, r1		8
  d4:	2f 93       	push	r18 		10
  d6:	8f 93       	push	r24		12
	if (sync)
  d8:	80 91 60 00 	lds	r24, 0x0060     14
  dc:	88 23       	and	r24, r24        15
  de:	29 f0       	breq	.+10     	16
	{
	   PORTA = 1;
  e0:	81 e0       	ldi	r24, 0x01	17
  e2:	8b bb       	out	0x1b, r24	18
	   sync = 0;
  e4:	10 92 60 00 	sts	0x0060, r1      20
  e8:	04 c0       	rjmp	.+8      	22
	}
	else
	{
	   PORTA = 0;
  ea:	8b bb       	out	0x1b, r24	19
	   sync = 1;
  ec:	21 e0       	ldi	r18, 0x01	20
  ee:	20 93 60 00 	sts	0x0060, r18	22
  f2:	8f 91       	pop	r24             24/24
  f4:	2f 91       	pop	r18		26/26
  f6:	0f 90       	pop	r0		28/28
  f8:	0f be       	out	0x3f, r0	29/29
  fa:	0f 90       	pop	r0    		31/31
  fc:	1f 90       	pop	r1		33/33
  fe:	18 95       	reti			37/37
Bevor der µC in die ISR springt vergehen noch 3(?) Takte insgesammt dann 40(?), tja dumm gelaufen...

Kannst Du das nicht anders lösen ?
Den zugehörigen Pin in Hardware toogeln lassen ?

Gruß Sebastian

P.S. Doch verrechnet Es war ein Takt zu viel....