Mit deinem Programmierboard kann dir so wohl keiner weiterhelfen, wenn du nicht mal sagst, was es für eins ist.
Allerdings brauchst du sowas eigentlich auch gar nicht. Wie ein AVR beschaltet wird kannst du hier nachlesen: https://www.roboternetz.de/wissen/in...leicht_gemacht
Sinnvoll finde ich eigentlich diese Beschaltung: https://www.roboternetz.de/wissen/in...g_spannung.gif
Dann kannst du dir in Eagle (Platinenlayoutprogramm) die zusätzliche Beschaltung für Display und Sensor entwerfen und machst das ganze auf eine eigene Platine.
Zum Programmieren brauchst du dann ein ISP Programmierkabel (kannst dann den uC über den Parallelport programmieren). Als Software kannst du z.B. das Paket "Win AVR" benutzen (enthält Programmeditor, Compiler etc.) Einfach mal bei Google suchen.
Die Durchflussmessung würde ich nicht über den Generator machen. Ihr könntet z.B. an der Welle des mechanischen Wasserzählers einen Impulsgeber anbringen und dann die Impulse pro Zeiteinheit oder die Dauer zwischen 2 Impulsen messen. Das ist dann mit dem uC auch überhaupt kein Problem mehr.
Ob ihr dann die Schaltung mit dem Strom vom Generator betreiben könnt/wollt könnt ihr dann später immer noch entscheiden.