Willst Du den Mittelwert haben oder den Peakwert (z.B. als Überstromschutz) ? Hast Du ein Oszi zur Hand, um Dir später das gefilterte Signal anzusehen und vorher die PWM Frequenz festzustellen ? Ein Filter einfach so auszulegen passt meist nicht sehr gut, wobei Du natürlich auch schätzen kannst. Da Du den Motor aber mit PWM steuerst, findest Du die Frequenz sicher noch heraus.
Generell empfehlenswert ist der Einsatz eines kleinen OP´s, damit Du den Maximalwert auf Deinen ADC anpassen mittels des Verstärkungsfaktors kannst, ich nehme da einfach einen OP284 oder so...

Den Strom der PWM direkt messen kannst Du vergessen, das packt Dein ADC nie - da müsstest Du schon einen echt guten DSP haben, um das Signal korrekt auszuwerten.

Versuch einfach mal einen Tiefpass mit 4,7kOhm und 100nF - also Widerstand von Shunt nach Eingang ADC und den Kondensator vom ADC Eingang nach Masse. Wenn der Wert immernoch zu stark schwankt, 1µF einsetzen. Wenn das auch nicht geht, kommst Du ohne Skop nicht weiter, glaube ich ...