Also ich versteh' Dein Problem nicht: Du hast Die LEDs gegen VCC geschaltet, wenn Du Die Ausgangsports auf High=1 legst ist die LED aus und bei Low=0 an. Dann misst Du wie Du schreibst und wunderst Dich? Das ist doch absolut erwartungsgemäß!
Wo ist das Problem? Wenn DU willst, dass die LED bei High=1 leuchtet, dann musst Du sie gegen GND schalten.
Gruß

EDIT:
OK, ich war der langsamste, aber weniger als eine Minute...