IIRC gibt es Kommandozeilentools, die das AVRStudio benutzt (einfach mal in ein exportiertes Makefile schauen). Da kannst Du dann einfach eine Skript-Datei schreiben.

Henne-Ei Problem: Du musst als Teil des skriptes prüfen, ob der ISP installiert ist, ansonsten das AVR Studio - bzw. die benötigten Teile - mitinstallieren.