Danke für die Antwort ...
Ist ganz schön kompliziert ...

Habe nun selber ein Programm geschrieben:

Code:
.include "m8def.inc"
.def temp = r16 			;Arbeitsregister setzen
.def flag = r17				;Flagregister setzen
.equ TIMERWERT = 65535-976	;Timerwert auf etwas setzen


;********************************************************
;*                        Init  Timer / Counter 1       *
;********************************************************

         ldi    temp, (1 << CS10) | (1 << CS12) 		;Setze Prescalerwerte
		 												;CS10 auf Null und CS11 und CS12 auf Eins Divisionsfaktor = 1024
		 out	TCCR1B, temp 							;Übergebe den Wert an das Timer/Counter1 Control Register B

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;*                        Init  LED's                   *
;********************************************************

		cbi		PORTD7, PD7
		cbi		DDRD,	DDD7 ;Back-LEDs wirklich ausschalten		

;********************************************************
;*                        MAIN                          *
;********************************************************

main:
		rcall front_led_on
		rcall timer_countdown
		rcall front_led_off
		rcall timer_countdown
		rjmp main

;********************************************************
;*                        Funktionen                    *
;*                        **********                    *
;********************************************************

;********************************************************
;*                        Timer Countdown               *
;********************************************************
timer_countdown:

loop:
		in 		temp,	TIFR
		sbrs 	temp,	TOV1
		rjmp loop
		rcall	timer_reset
		ldi		temp,	(1<<TOV1)
		out 	TIFR,	temp
		ret

;********************************************************
;*                        Timer Reset                   *
;********************************************************
timer_reset:
		ldi	temp, HIGH(TIMERWERT)
		out	TCNT1H, temp
		ldi	temp, LOW(TIMERWERT)
		out	TCNT1L, temp
		ret

;********************************************************
;*                        Front LED On                  *
;********************************************************
front_led_on:
		sbi PORTD, PD6
		sbi DDRD, DDD6
		ret

;********************************************************
;*                        Front LED Off                 *
;********************************************************
front_led_off:
		cbi DDRD, DDD6
		ret
Was mich da aber stört ist, dass er nicht sofort mit dem Blinken startet.
Warum nicht?

@A.Hoffmann:
Kann man dein Programm auch auf die Art schreiben, wie ich meinen Timer benutze?