Automatisches Pinswapping oder sogar Gatterswapping wird wohl noch sehr lange auf sich warten lassen, selbst wenn man 50.000€ hinblättert.
Ja, spiegelverkehrt denken kann Stress pur sein und die Fehlerquote dürfte recht hoch sein. Das board zu spiegeln ist da recht hilfreich, geht so:
Alle layer einblenden (gaaaanz wichtig), mit GROUP die ganze Platine einkreisen (vieleck, wobei die rechte Maustaste das ganze schliesst), dann MIRROR wählen und mit der rechten Maustaste in die Gruppe klicken. Dadurch wird die ganze Platine gespiegelt (ein linker Mausklick mit MIRROR spiegelt nur das einzelne Bauteil). Alle layer kehren sich um, d.h. der bottom layer wird zum top und umgekehrt. Deshalb ist es auch so wichtig, vorher alle layer zu aktivieren. Eagle ist wysiwyg (what you see is what you get), was nicht sichtbar ist wird auch nicht bearbeitet. Das gilt auch besonders für CUT und PASTE (nicht copy und paste).

Gruß
Jörn