Ich kenn deinen Encoder nicht, aber eine Prellzeit gibts normalerweise nur bei mechanischen Kontakten, also Schaltern, Relais, usw.

Ich würde mich zuerst um das Problem mit dem Board kümmern.

Dein Sourcecode sollte jetzt so ausschauen:

//Prozedur für das Auslesen eines Encoders
void WaitForEncoder(int p,int stepps)
{
bool portstatus=board.digital(p);
int zaehler = 0;
while(zaehler <= stepps)
{
if(portstatus==0 && board.digital(p) ==1)
zaehler ++;
portstatus=board.digital(p);
}
return;
}