Ja, kannst du - der atmega32 nimmt exakt das gleiche wie der mega8.
naja - ich empfehle dir halt dir eigene Libs zu schreiben, du guckst dir die libs vom asuro an und übersetzt die auf deinen Conroller (würde ich dir nicht empfehlen, ist extrem unübersichtlich), also schreib selber. Dafür sind natürlich mehr C-kenntnisse erforderlich als beim proggen des Asuros.
Batchfile? Nope, das macht der Compiler. Also winavr zum Beispiel.
Das makefile brauchst du, um dem Compiler zu sagen was er wie machen soll, kenn ich mich leider nicht so wirklich mit aus. Kein makefile brauchst du bei avrstudio, das macht das irgendwie automatisch. Ein makefile machen kannst du dir mit dem tool MFile das bei Winavr dabei ist. Winavr ist übrigens das programm, das du auch für den Asuro verwendest, also hast du das ja schon, ist mir grad eben aufgefallen.