Das mit den Farben könnte immer so eine Sache sein.
Probier doch mal einen Kleber (z.B. Uhu) wenn dadurch der Stempel nicht beschädigt bzw. angelöst wird.

Der Kleber sollte nicht so schnell austrocknen wie Farbe Edding-Farbe) und hinterlässt garantiert einen dickeren Druckfilm, welcher auch noch resistenter sein sollte wenn dieser fertig ausgehärtet ist.

Klar die Auflösung eines Stempels ist nicht sehr hoch, besonders wenn die Matritze sehr weich ist,
dann kommt es auch auf einen gleichmäßigen und nicht zu starken Anpressdruck und
auf eine absolute Plane Oberfläche sowohl bei der Stempelplatte als auch bei der Leiterplatte an.

Also ich könnte mir schon vorstellen dass das bei groben Layouts eine alternative zum Film sein kann, wenn eine entsprechende Menge benötigt wird und das Layout nicht feiner als 0.05" (1,27mm) im Raster ist.

Übrigens ich habe auch schon wirklich große Stempel gesehen, welche nicht auf einer planen Platte sondern auf einer Zylindrichen Oberfläche befesticht sind, dadurch muss der Stempel über die Stempelfläche "gewippt" werden, was einen gleichmäßigeren Andruck gewährleistet.

so etwa: Stempel =)| Platine/Papier ("Druckfläche")