Hallo,

also der Pullup wird erst mit PortX.y = 1 aktiviert. (bzw. PortX |= (1<<PXy); )

Verwendet wird das zB. wenn man Taster abfrägt die nach Gnd schalten. Wenn der Taster nicht betätigt ist, wird das Signal auf High gezogen (also Pull up), wenn man den Taster drückt, liegt Gnd am Eingang an. Durch den Pullup-Widerstand fliesst dann ein geringer Strom, da der interne Pullup relativ hoch ist, bis zu 50k beim CAN128.
Mit URI kann man sich ausrechnen wieviel Strom durch den Pullup fliesst.

Wenn man statt dem Pullup direkt auf Vcc gehen würde, wäre das beim betätigen des Taster ein Kurzschluss.
Aber sonst hat das mit Kurzschluss nix zu tun

Evtl. noch bei analogen Eingängen, damit die Leitung nicht als Antenne irgendwelches rauschen einfängt, das kommt aber auch auf den Sensor an, bzw. was man dort anschliesst. Grundsätzlich aktivieren sollte man den bei analogen Signalen nicht.