Aus MHz-Takten genaue Sekunden-Takte zu bekommen ist kein Problem, zumindest hatte ich bei AVR noch nie Probleme, weil die Timer interne Prescaler haben. Wenn man nicht selber an dem CNTn-Register fummelt (wodurch man Zyklen verliert), sondern die CTC-Funktionalität benutzt (clear timer on compare match), dann ist der Takt wie gesagt so genau wie der Quarz.

Vorteil eines 32.768Hz-Quarzes hat man zB, wenn man einen Binärteiler wie CD4060 verwendet. Weiterer Vorteil ist die Unabhängigkeit vom µC-Takt; man kann den µC also sparsam bei 128kHz takten und/oder RC-Oszillator verwenden.

Weiterhin unterscheiden sich Uhrenquarze in der Bauform: als Röhrchen im Gegensatz zu HC18-U oder HC49-U bei "großen" Quarzen.

Uhrenquarze werden anders betrieben (Serienresonanz vs. Parallelresonanz) und reagieren deshalb anders auf parasitäre Kapazitäten.

Oft arbeiten Uhrenquarze genauer und sparsamer. Die Sparsamkeit hängt mit der kleineren Frequenz zusammen (Umladeverluste), die Genauigkeit weiß ich net...wohl wegen anderem Betrieb/anderer Fertigung.