180° Phasenverschiebung.
Meine Vermutung geht dahin, dass Du eine Phasenverschiebung um 180° hast dadurch wird, da Du nicht in beiden Zweigen einen Brückengleichrichter verbaut hast, der Siebko des Pluszweiges geladen, während der Siebko des Minuszweiges gerade entladen wird. Diese gegensätzlichen Ladezyklen erzeugen auf der gemeinsamen GND-Leitung einen Sinus.
Wenn die Gleichrichtung erst auf Deiner Platine ist, dann kannst Du zwei Vollbrücken einbauen, das Ganze sieben (1000µF), und erst an den Siebko´s die gemeinsame Masse bilden. Damit hast Du diesen Umladesinus von der GND-Leitung weg.
Gruß