Wenn man sowas vorher weiß, dann legt man den Puls, dessen Länge man bestimmen will an den ICP Pin des µC. Der ist nämlich genau dafür da!
Der sorgt auf komfortable Weise dafür, dass der Counter genau solange countet, wie dort High oder Low anliegt, wie man will. Da das ganze IRQ gesteuert ist, muss man sich keinen Kopf machen und hat die Probleme des Pollens nicht.
Gruß