Es müsste über einen Umweg gehen, den ich aber nicht ausprobieren kann.
Versuche folgendes:
Im MKII Programmer Dialog wählst Du "Follow device selection in AVRStudio Debug..."
Dann wählst Du unter Project --> Configuration den AT90S2313. Dann gehst Du wieder in den Programmer Dialog --> Advanced --> Read Signature. Wenn er ihn richtig erkennt, versuch ihn zu programmieren. Ansonsten kauf DIr einen Tiny2313.
Sag mal, obs funktioniert hat.
Gruß