Hi!
Ich würde einen Tiefpassfilter verwenden um zuerst du Spikes ein wenig zu glätten, danach dann je eine Diode gegen Vcc und eine gegen GND, um die danach übrigen Spikes zu entfernen.

Dein Signal bei 2.000 Upm liegt bei ca. 40Hz, wenn sich die Frequenz linear zur Drehzahl ändert, hast du bei 10.000 Upm (ich weiß leider nicht, wo dein Drehzahlbegrenzer einsetzt) etwa 400Hz. Um die Signalform nicht zu sehr zu beeinflussen, würde ich die Grenzfrequenz des Filters auf das 10fache (also 4kHz) festsetzten.
Der Widerstand des Filters sollte etwa 10x größer Dimensioniert sein, als der Widerstand der Quelle (ggf. kann man hier nen Aktiven Filter verwenden).
In meiner Simulation habe ich einen Innenwiderstand von 10kOhm für die Quelle angesetzt und für den Filter einen 100kOhm Widerstand und einen 4nF Kondensator verwendet. Für die Dioden solltest du einen möglichst schnellen Schottky-Typ verwenden. Der max. Strom spielt hier keine Rolle.
Bild hier  
Die grüne Linie soll das Signal von der Zündspule darstellen, die blaue das gefilterte Signal.
Bild hier  

Das ganze hat hier keine Galvanische Trennung, die kannst du aber per Optokoppler recht einfach noch hinten dran bauen (brauchst aber einen Treiber für die LED).

MfG
Basti