Wenn du meinst, dass er mitten in diesen 3sek die ISR abrackert und so die drei Sekunden verlängert, dann denke ich hast du recht. In diesem Fall würde ich entweder einen externen Timer verwenden oder die internen, somit hast du immer genau 3sek, egal, welche ISR die Wartezeit unterbricht. Im Allgemeinen dauert eine ISR aber nicht ewig und fällt auf die 3sek gesehen nicht wirklich ins Gewicht.