Ich weiß auch nicht, was der Simulator aus dem EEPROM ausließt ?
Im AVR Studio kannst Du mit View - Memory auch den Inhalt des virtuellen EEPROMS auslesen.
Du kannst die gespeicherten Werte auch Editieren und mit UP/Download Memory als .eep Datei abspeichern / laden.
Die Werte die sich im EEPROM befinden werden halt dann auch vom Simulator ausgelesen.