Ja das geht. Ein Bootloader gleladen und schon kann man ATmel´s auch per RS232 programmieren.
Das hat durchaus Vorteile, z.B. wenn du einen Controller per Funk programmieren willst, vielleicht wenn er an einer unzugänglichen Stelle eingebaut ist.

Ich such selbst gerade einen Bootloader für Mega 16 / rn-control. Werde dazu mal anderen Thread öffnen