4. Unbenutzte EingangsPins gegen GND schalten kann nicht schaden.
7. Derjenige wird den Pin nehmen und darüber von einem anderen Board die LED einschalten wollen. Wenn Du das nicht machst, dann leuchtet die LED nie! Wenn Du sie gegen GND schaltest, dann zeigt sie wenigstens VersorgungsSpannung an.
Die Sachen mit den PNPs hatte ich übersehen.
Woran Du VRef hängst hängt von Deiner Anwendung ab: interne Referenz oder externe. Aber da Du die ADCs eh nicht nutzt denke ich, es ist fast egal.
Gruß