Das RN-Control scheint mir dafür etwas überdimensioniert
RN-MiniControl und auch RN-Mega8 sind eher als Zusatzboard konzipiert. Ich würde mich beim µC heutzutage nicht mehr auf 8KB beschränken, sondern wegen des Speichers einen ATmega32 wählen, d.h. RN-Control.
Für die Funkverbindung ist RN-Funk mit EasyRadio-Funkmodul geeignet.

C oder BASCOM?
Beides ist geeignet. Ich würde an Deiner Stelle die Sprache nehmen, die Du besser beherrschst. Wenn das gleich ist, nimm C (Basissprache für C++, Java, C#), da die AVR dafür optimiert wurden. Für Java gibt es NanoVM (http://www.mikrocontroller.net/articles/NanoVM). Dafür sind 8KB auf jeden Fall dauerhaft zu klein.

Bei der "Port"-Geschichte bin ich noch nicht ganz durchgestiegen.
Die alternativen Funktionen der einzelnen Portpins findest Du im jeweiligen Datenblatt genau beschrieben. Am besten schaust Du Dir mal einige Vorbilder (ASURO: ATmega8, c't-Bot u. RP6: ATmega32, Nibo: ATmega12 bezüglich Verschaltung an. Der Trend geht dahin, mehrere Prozessoren via I2C zu verknüpfen (RP6, Nibo). Das ist die flexibelste Variante, allerdings komplex zu programmieren.