Ein Timer löst nicht bei jeder Flanke einen Interrupt aus, sondern, ja nach Timer nach Überlauf,Comparematch,Captureevent.
Wenn Du bei jeder Flanke von außen einen Interrupt brauchst ist der "Externe Interrupt" was für Dich den kannst Du einstellen wie Du willst, steigende oder fallende Flanke, ein Blick ins Dattenblatt hilft.

Gruß Sebastian