Atmega - Diode richtung Transistor - 1k Widerstand - Base
das soll jetzt nicht deine Freilaufdiode sein, oder ? Freilaufdioden werden zwischen Emitter und Collector in sperrichtung eingebaut (Kathode an Collector, Anode an Emitter)
Und die Freilaufdiode muss schnell sein, also eine kurze Reaktionszeit haben. (meist als trr angegeben)