Soweit ich weiß wird im CTC Mode ein Timer Overflow Interrupt getriggert sobald der Zähler auf 0 gesetzt wird - teste das mal im Simulator.
In diesem Interrupt könntest Du deine neuen Werte für das Comparematch Register übernehmen.
Alternativ könnte das auch im Comparematch 2 Interrupt machbar sein der ebenfalls getriggert werden sollte.
Kannst ja vorerst nur mal schauen ob im Simulator sie entsprechenden Flags gesetzt werden.
Werden Sie gesetzt, brauchst Du nur noch den entsprechenden Interrupt freigeben und eine kleine Datenübernahmeroutine schreiben.