Also ich kann in AVR Studio schreiben, das als .c datei speichern, dann in WinAVR öffnen, in eine .hex compilieren, und dann mit AVR Dude zum AVR übertragen.

Hat AVR Studio irgendetwas mit dem programmieradapter zu tun?
Weil beim AVRISP mkII steht dabei, dass die neuesten Treiber automatisch bei der neuesten AVR studio version dabei sind, und dass er extra auf AVR Studio zugeschnitten ist.

Oder anders gefragt:
Ist das Makefile bei WinAVR für programmers notepad, oder für AVR Dude?

lg
christoph