Das Signal ist maximal 5V groß.

Die Auswertung sieht wie folgt aus:

Erkennt der Mega8 ein Signal schaltet er die Boxen und startet einen Timer.
Solange Signal anliegt wird der Komparator immer wieder auslösen und dadurch den Timer rücksetzen.
Löst der Komparator nicht mehr aus, läuft der Timer bis zu einem bestimmten Wert und schaltet die Boxen ab.

Soweit meine Idee...