Also mit GND funktioniert das nicht, eben wegen des Rauschens. Du brauchst auf jeden Fall einen definierten Pegel als unteren Schaltpunkt und der muss oberhalb des Rauschens liegen. Ob 100mV genug sind, hängt also von Deinem Rauschen und von Deinem Signal ab.
Meinst DU mit Referenz den AIN1? Wenn ja kann das gehen. Aber 100mV kann alles sein oder nichts, je nachdem um welches Signal es sich handelt. Wie groß ist Dein Signal denn maximal?
Ich nehme an, Du wertest den Komparator softwaremäßig angemessen aus, schließlich hat Dein Audiosignal Nulldurchgänge.
Gruß