Ich würde dir auf jeden Fall die zweite Variante empfehlen, da so der PC von den lowlevel-Sachen wie Motorsteuerung entlastet wird. Ich würde µC für die lowlevel-Sachen auf dem Bot verwenden und den PC für aufwändige Berechnungen usw. benutzen. Du kannst die µC ja auch per USB-Seriell-Wandler mit dem PC verbinden.