Moin!
Du redest hier von zwei völlig unterschiedlichen Welten : Microcontroller der AVR-Serie und PC/104. Soweit ich weiß, sind PC/104-Boards richtige I386-PCs (hab hier z.B. selber 'nen 486'er und nen Pentium 233 MMX als PC/104 rumfliegen), an so ein PC/104 Dingens kann man im Prinzip alles dranhängen, was auch ein normaler PC kann, und man kann auch windows, linux oder was es sonst noch so gibt, installieren. Für die kleinen AVR's gibt es glaube ich kein Linux, da diese 1. keine MMU (Memory Management Unit) haben und von der Speicherarchitektur auch anders aussehen (Trennung von Daten- und Programmspeicher), und 2. eh sehr wenig Speicher haben. In C kann man beide programmieren, von der Geschwindigkeit ist da wohl nicht sooo der riesige Unterschied zu Assembler. Alternativ könnte man als µC einen ARM nehmen, für die gibt es z.B. Linuxports, allerdings bringt einem das nichts, wenn man mit PC/104-Karten erweitern will, außer man implementiert entsprechend selbst die Schnittstelle und die Ansteuerung, aber Dein Ziel war ja wohl eher, es einfacher zu machen.
Du kannst Dir also meiner Meinung nach überlegen, ob Du mit Microcontrollern experiementieren willst, oder lieber einen mini-PC nutzen willst. Ich bin ja ein Fan der Methode 'mit µC basteln und Daten an P schicken zum testen'. Beschreibe doch mal, was Du konkret machen willst!

'Damals' habe ich auch daran gedacht, einfach einen PC zu nehmen (kann man auch auf meiner Website sehen), allerdings hab ich mittlerweile festgestellt, daß in den meisten Fällen ein AVR dem PC überlegen ist, weil ich für unter zwei Euro gigantische Mengen an I/O Anschlüßen und A/D Wandler und Timer und so kriege, und wenn man keinen Betriebssystemballast mit sich rumschleppt, kann man mit 8KB ROM und 2KB RAM wirklich VIEL erreichen, außerdem braucht der viel weniger Strom und es ist bei weitem nicht so ärgerlich,wenn man einen Kurzen fabriziert, wie bei einem PC/104-Board.
MfG
Volker