Überprüfe mal die Steckverbindungen. Hänge die ein Strippe von Meßgerät direkt an GND, am besten gleich nach dem Spannungsregler und miß alles nochmal.
Es kann nicht sein das am Reset des Mega 3V anliegen und am Reset den Programmer 5V. Die müssen über eine Leitung miteinander verbunden sein. Am VCC des Mega müssen auch 5V sein.
Hubert