Hallo Lenox,
Sieht schon mal gut aus, würde ich mal sagen nur was ist das für ein Interrupt:

On Timer1 Timer1_isr
Overflow Interrupt ?
Timer 1 hat mindestens 4 Interrupts Du brauchst den Capture Interrupt und zwar so:
-Puls an
-warten
-puls aus
-Timer1 reseten
-Timer1 starten
-Bei steigender Flanke wird der Capture Interrupt ausgelöst in dem Du
-Capture Register (Zeitstempel, wann die Flanke kam) auslesen
-Timer 1 stopen
-signalisieren daß Du Fertig bist
-in der hauptschleife die Capture werte verschicken.

Fertig,
versuch das mal, wenn Du nicht weiter kommst melde Dich

Gruß Sebastian