Die Programmierung des ATmega128 erfolgt momentan über einen 6-Pin-ISP-Wannenstecker
Also ganz normale ISP Schnittstelle von Atmel ?

Das ist gut, es gibt zumindest keine Probleme, wie bei Asuro mit der IR Schnittstelle(wobei ich bei meinem Asuro keine Probleme hatte)
Ich persönlich finde es auch besser als diesen Bootloader Quatsch.
Fertige Bibliotheken find ich auch nicht so wichtig(Java schon garnicht)
beim Asuro habe ich die auch nicht verwendet, wenn man das meiste zur Fuß macht lernt man auch mehr über die Hardware.
Naja, dann berichte mal schön über Deine Fortschritte, vielleicht bekommen noch ein paar Leute Lust den zu holen (vielleicht lenkt meine Frau mal ein )

Gruß Sebastian