Wenn einer deiner Timer durchläuft und nicht durch einen PWM Mode automatisch wieder genullt wird, oder rückwärts läuft, kannst du den Timer Overflow Interrupt dieses Timers aktivieren und einen Zähler hochzählen.
Wenn dieser Zähler dann einen bestimmten Wert erreicht hat kannst Du den Zustand eines Ausgangs toggeln den Zählerstand des Softwarezählers (nicht! das TCNT Register) auf 0 setzen und damit eine LED zum blinken bringen.
Die Routine braucht nur ein paar Bytes und dürfte den Ablauf deines Programmes nicht allzusehr stören.