Mir fällt gerade eine Notlösung ein:

Man könnte einfach am Anfang des Programms ein delay von, sagen wir mal, 20 Sekunden einbauen. Dann müsste ich nach dem Brennen direkt den Strom wegnehmen. Ebenso muss das Auslesen des EEPROM dann schnell gehen.

Ist natürlich keine schöne Lösung, ich wäre froh, wenn jemandem was besseres einfällt.