Du musst dir also eine Art Befehlssatz erstellen. Ich finde es immer am einfachsten wenn man die Befehle in ASCII Klartext hält, z.b. PinXon bzw toggleX. Deiner Phantasie sind keine Grenzen gesetzt.
Das Programm am µC muss nun den Text den es über seriell Empfängt zerlegen. Also erkennen um welchen Befehl es sich handelt und die mitgesendete Variabel X auslesen. Danach wird die entsprechende routine aufgerufen.
Versuche aber die Befehle immer "gleich" aussehen zu lassen. Dann kann man sie am µC leichter auswerten.
Außerdem ist es hilfreich wenn man einfach den Befehl lesen kann und weiß was gemeint ist (also %ooo238 sagt keinem Menschen was, und dem Programmierer nach ein paar Jahren evtl auch nix mehr).

Ein Beispiel: Übertragung von z.b. 4 PWM werten an den µC

PWM(100,50,0,256)

=> Der µC würde dann folgendes machen:
ersten drei Buchstaben auslesen "PWM" => Routine PWM
dann ( bis 1. Komma lesen => 1. wert.

Besser wäre:

PWM(100,050,000,256)

denn die Länge und somit Position der Werte ist nun fest und man braucht nicht immer erst nach den Kommas suchen.
Verstanden?