Richtig, free, realloc usw. sollten bis jetzt nicht richtig funktioniert haben. Der Compiler warnt dich hinreichend, er sieht deine Benutzung quasi als Funktionsdeklaration an. Warnungen sollten nie ignoriert werden ..

Zu 2.
Zeiger übergibt man, indem man ein "&" vor den Variablenname schreibt.
Also: eeprom_write_byte(&i,cUSART_inp[i]);
Möchte jetzt keine weiteren Ausführungen zu Zeigern schreiben .. wenn du nachlesen möchtest: http://www.highscore.de/cpp/einfuehrung/zeiger.html
Mit dem & wird quasi die Adresse der Variablen übergeben.

Grüße
CsT