Noch ne Idee:

Den Timer 2 mit einem Teilerfaktor von 1024 laufen lassen und mit dem Comparematch Interrupt bei jedem neuen Zählerstand des TCNT2 Registers einen Interrupt auslösen lassen. Also OCR2 in jedem neuem Interrupt um 1 erhöhen. In diesem Interrupt auch die einzelnen Kanäle löschen oder setzen.
Das ergibt eine PWM Frequenz von 60Hz wenn ich mich nicht verrechnet hab.
Ausserdem wir auch nur ein Timer verbraten.

Das mit dem TWINT Pollen halt ich auch für eine gute Idee.