Wie sieht es eigentlich mit der 10 poligen PC-Stecker aus? Der ist doch auch mit dem SPI Port verbunden oder??
Du meinst den MAX angeschlossen lassen und den AVR Programmieren ?
Das sollte eigentlich funktionieren, eine Garantie darauf mag ich aber nicht geben.
So lange der Widerstand an den Programmierpins des AVR > als 4,7k Ohm ist sollte die ISP Programmierung noch funktionieren.
Im Zweifelsfalle hilft hier nur ausprobieren.
Wenns nicht geht kannst Du ja immer noch einen Programmierjumper vorsehen, der die SO Leitung des MAX auftrennt. SCK und /CS sind Eingänge am MAX und sollten somit keine Probleme machen.

Wenn Du deine SPI Softwaremässig realisierst, kannst Du fast jeden beliebigen Pin des AVR benutzen.