Der Compiler C:\WinAVR\bin\avr-gcc.exe wandelt Deine Sourcecode-Dateien mit der Endung c um in Objektdateien mit der Endung o.
Der Linker C:\WinAVR\bin\avr-ld.exe bindet diese Objektdateien zusammen zu einer ausführbaren Datei, hier mit der Endung hex.

Im Makefile findest Du z.B. als Anweisung für den Linker:
Code:
## Objects that must be built in order to link
OBJECTS = globals.o adc.o encoder.o encoder_low.o i2c.o leds.o lcd.o motor.o motor_low.o print.o rc5.o sound.o switches.o time.o uart.o version.o