Alles klar. Deinen obigen Angaben zu folge musst du also 2 verschiedene Frequenzen ausgeben (2 Stepper?).
Halten würde ich mich an deiner Stelle an die empfohlene Methodik von "Freiheitspirat", die deine gesuchten Frequenzen aus Sicht des MC ziemlich niedrig sind. Falls du Fragen zur Timerinitialisierung oder den ISR's hast, in C (avrgcc) könnte ich dir helfen.

Gruss, Alex