Normalerweise sieht das ganze so aus:

main.c
Code:
#include <avr/io.h>
#include "init.h"

int main (void)
{
init_timer(); //includierte Funktion
//Weiter mit Hauptprogramm
}
init.c
Code:
void init_timer()
{
//Was auch immer Du hier machen möchtest
}
init.h
Code:
void init_timer(void); //Prototyp für die Funktion
Gruß,
askazo